30 grudnia 1901 roku odbyła się pierwsza kapituła generalna serafitek w Oświęcimiu, na której Matka Małgorzata została wybrana ponownie przełożoną generalną. W 1903 roku w Nowym Mieście odprawiła ostatnie w życiu rekolekcje pod kierunkiem o. Honorata. Wtedy też w Nieszawie, pod zaborem rosyjskim, powstał ostatni za życia Matki dom zakonny serafitek, z pracownią krawiecko-hafciarską dla dziewcząt.
8 marca 1904 roku Matka złożyła rezygnację z urzędu przełożonej generalnej, motywując swoją decyzję złym stanem zdrowia i podeszłym wiekiem. - Nasze zgromadzenie liczyło wówczas 105 sióstr pracujących na 11 placówkach. Po przekazaniu władzy swojej następczyni, udała się do Nieszawy. Mimo słabego zdrowia włączyła się w życie codzienne sióstr i organizowała różne formy pomocy miejscowej ludności - opowiada s. Ancilla.
Zmarła w opinii świętości 5 czerwca 1905 roku w Nieszawie. Obecnie jej doczesne szczątki znajdują się w Oświęcimiu w przedsionku kościoła klasztornego serafitek.
